GESEK er en samarbejdsplatform, der formelt er indrammet af Komitéen for Grøn Energi og Sektorkobling. Årsmødet er Komitéens øverste beslutningsmyndighed og holdes hvert forår. Alle medlemmer af Komitéen kan deltage i årsmødet.
Styregruppen fungerer som Komitéens bestyrelse og består dels af virksomhedsrepræsentanter, der vælges på Komitéens årsmøde samt en række andre repræsentanter, som udpeges i henhold til Komitéens vedtægter.
Projektkontoret har ressourcer ansat, der kan understøtte arbejdet i Komité og Styregruppe samt aktiviteterne i de arbejdsspor, som Styregruppen definerer for GESEK.
Arbejdsspor er afgrænsede temaer, som Styregruppen definerer som retningssættende for GESEK’s arbejde. Indenfor hvert arbejdsspor opstilles der konkrete målsætninger, og arbejdet afstemmes løbende og systematisk med input fra eksperter og specialister hos virksomheder, embedsværk og NGO’er.